Un logiciel de facturation électronique pour pharmacie doit avant tout s’appuyer sur une plateforme agréée par l’administration fiscale : c’est elle qui reçoit vos factures fournisseurs depuis le 1er septembre 2026 et qui émettra les vôtres à partir du 1er septembre 2027. La réforme concerne toutes les entreprises assujetties à la TVA, officines comprises. Une facture PDF envoyée par e-mail ou une facture papier scannée ne sont plus conformes : la facture électronique est un fichier structuré, transmis par une plateforme agréée, selon impots.gouv.fr.
Ce que la réforme change pour une officine
La réforme comporte trois volets, selon la nature des clients et des opérations, d’après l’administration fiscale :
- La facturation électronique : elle concerne les achats et les ventes entre entreprises établies en France et assujetties à la TVA. Pour une officine, ce sont d’abord les factures de ses fournisseurs : grossistes-répartiteurs, laboratoires, génériqueurs, mais aussi énergie, téléphonie ou maintenance.
- L’e-reporting de transaction : il concerne les ventes à des personnes non assujetties, comme les particuliers, et les opérations avec l’étranger. Les ventes aux patients relèvent de ce volet : elles ne donnent pas lieu à une facture électronique, mais leurs données récapitulatives sont transmises à l’administration.
- L’e-reporting de paiement : il concerne les opérations dont la TVA est exigible à l’encaissement, principalement certaines prestations de services.
Pour la plupart des officines, l’enjeu immédiat est donc la réception : des centaines de factures et d’avoirs par mois qui arrivent désormais sous forme de données structurées. Le guide de la dématérialisation des factures détaille les étapes pour passer du papier au numérique.
Le calendrier : 2026 pour recevoir, 2027 pour émettre
| Date | Obligation | Officines concernées |
|---|---|---|
| 1er septembre 2026 | Réception des factures électroniques | Toutes les officines |
| 1er septembre 2026 | Émission des factures électroniques et e-reporting | Grandes entreprises et entreprises de taille intermédiaire |
| 1er septembre 2027 | Émission des factures électroniques et e-reporting | PME et micro-entreprises, soit la plupart des officines |
Une officine moyenne, avec 2,66 millions d’euros de chiffre d’affaires en 2025 selon les statistiques CGP relayées par Le Moniteur des pharmacies, reste une PME : elle émettra ses factures électroniques à partir du 1er septembre 2027. Mais elle doit déjà pouvoir recevoir celles de ses fournisseurs, puisque les grandes entreprises, dont font partie les principaux grossistes-répartiteurs et laboratoires, facturent électroniquement depuis le 1er septembre 2026.
Plateforme agréée, LGO, logiciel comptable : qui fait quoi ?
La réforme fait intervenir plusieurs acteurs, qu’il faut bien distinguer avant de choisir un outil :
- La plateforme agréée (PA), anciennement appelée plateforme de dématérialisation partenaire (PDP), est un opérateur immatriculé par l’État. Elle émet, transmet et reçoit les factures électroniques, en extrait les données utiles à l’administration et transmet les données de transaction et de paiement. Près de 150 opérateurs figurent sur la liste officielle des plateformes agréées.
- Le portail public de facturation ne sert plus à échanger les factures : il gère l’annuaire qui indique, pour chaque entreprise, la plateforme agréée qui reçoit ses factures.
- Le logiciel de gestion d’officine (LGO) continue de gérer la dispensation, les commandes et les stocks. Il doit être relié à une plateforme agréée, par l’intermédiaire de son éditeur ou d’une solution compatible.
- Le logiciel comptable, ou l’expert-comptable, récupère des données structurées plutôt que des PDF à ressaisir. Notre guide du logiciel de comptabilité pour pharmacie détaille ce volet.
Ce que la facture électronique change concrètement à l’officine
Une facture électronique doit respecter un format défini (UBL, CII ou un format mixte associant un fichier de données structurées et une image, comme Factur-X) et comporter les mentions obligatoires dans des champs dédiés, comme le numéro SIREN du fournisseur et du client, selon impots.gouv.fr.
Pour une officine, ce passage aux données structurées est une opportunité. Chaque ligne de facture devient exploitable automatiquement : prix unitaire, quantité, remise appliquée, avoir. C’est exactement ce qu’il faut pour :
- Contrôler les remises ligne à ligne, et vérifier que les conditions négociées avec chaque fournisseur sont bien appliquées (voir notre guide du contrôle des remises en officine)
- Rapprocher commande, livraison et facture sans ressaisie, comme le décrit notre article sur le contrôle des factures fournisseurs
- Archiver les factures pendant 10 ans, durée imposée par l’article L. 123-22 du Code de commerce (voir l’archivage des factures en pharmacie)
L’enjeu financier est réel : selon le rapport IGAS-IGF sur la chaîne de distribution pharmaceutique (janvier 2026), une officine perçoit en moyenne 55 000 euros de remises commerciales par an, soit plus de la moitié de son excédent brut d’exploitation médian. Une remise mal appliquée sur une facture pèse donc directement sur la rentabilité.
Comment choisir son logiciel de facturation électronique en pharmacie
Six critères permettent de comparer les offres :
- Une plateforme réellement agréée : vérifiez sa présence sur la liste officielle publiée par l’administration fiscale, et son statut (immatriculation définitive ou en attente des tests d’interopérabilité).
- La compatibilité avec votre LGO et votre comptabilité : l’outil doit récupérer vos commandes et livraisons, et transmettre des données exploitables à votre expert-comptable.
- La capacité à absorber vos volumes : grossistes, laboratoires et génériqueurs envoient chaque mois des centaines de factures et d’avoirs.
- L’archivage et la recherche : conservation pendant 10 ans et accès rapide à n’importe quelle facture en cas de contrôle.
- L’exploitation des données : contrôle automatique des remises, alertes sur les écarts, rapprochement avec les bons de livraison. C’est ce qui transforme une obligation en gain de marge.
- L’accompagnement et le coût total : prise en main, support, abonnement et éventuels frais de mise en place.
OfficeIn : plateforme agréée et contrôle des remises
OfficeIn figure sur la liste officielle des plateformes agréées publiée par l’administration fiscale, avec un numéro d’immatriculation délivré le 9 juillet 2026.
Conçu pour les officines, OfficeIn centralise déjà les factures fournisseurs dans un coffre-fort numérique hébergé en France et contrôle automatiquement les remises, produit par produit et transaction par transaction. En moyenne, les officines équipées récupèrent 15 400 € par an grâce à la détection des écarts de remise. OfficeIn est compatible avec les LGO Winpharma, Pharmony, Pharmaland, Léo et Pharmavitale.
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